Awal mula berdirinya desa ini tentunya tidak terlepas dari sejarah awalnya, yaitu  merupakan wilayah/Daerah Pemukiman Transmigrasi yang berdiri sejak Tahun 1989 dengan nama UPT 1/SP 1  yang pada masa itu dipimpin oleh seorang Kepala UPT bernama Bapak Manurung. 

Dalam Rentang waktu mulai tahun 1989 sampai dengan Tahun 1992, Jumlah Penduduk  Transmigran yang menempati Wilayah UPT 1 / SP1  berasal dari berbagai daerah seperti Jawa Barat sebanyak 30 KK, Provinsi Nusa Tenggara Timur 108 KK, Provinsi Nusa Tenggara Barat sebanyak  66 KK, Provinsi Bali  sebanyak 50 KK dan juga sebagian warga Lokal sangkulirang sebanyak 4 KK sehingga total warga transmigran menjadi 258 KK / 397 Jiwa. 

Transmigran yang datang  dari berbagai daerah ini sesuai dengan keputusan Menteri Transmigrasi dan PPH Republik Indonesia Nomor : KEP. 640 / MEN/ KANWIL - DT /1993 Tentang Penetapan Status Transmigran di Unit Pemukiman Transmigrasi Kaliorang I, Kecamatan Sangkulirang, Kab. Kutai Propinsi Kalimantan Timur.  

Menurut Berita Acara serah terima unit pemukiman transmigrasi/Desa Transmigrasi secara Nasional dari Menteri Transmigrasi dan Pemukiman Perambah Hutan Kepada Menteri Dalam Negeri dengan Berita acara No: BA.110/M/II/1994 yang mana di Kecamatan Sangkulirang Unit Pemukiman Transmigrasi Kaliorang I dari rentang Bulan Desember 1989 s/d Maret 1992 jumlah keseluruhan menjadi  265 KK Dengan total jumlah penduduk sebanyak 1.042 Jiwa sesuai dengan Lampiran berita acara tersebut.

Beberapa Tahun kemudian,  Wilayah Transmigrasi Kaliorang I atau lebih dikenal dengan nama  UPT SP.1 berubah nama menjadi desa Persiapan Bukit Makmur yang dipimpin oleh seorang kepala Desa bernama Alm. Bapak Toyib dan tepatnya tanggal 08 Agustus 1997 Nama Desa Bukit Makmur ditetapkan dengan statusnya menjadi Desa Definitif. 

Selanjutnya Pada Tanggal 16 Juli 1999, dikeluarkan Peraturan Daerah Kabupaten Kutai Nomor 14 Tahun 1999 tentang Pembentukan Kecamatan Kaliorang Dalam Wilayah Daerah Kabupaten Kutai, Provinsi Kalimantan Timur, dan dengan persetujuan Dewan Perwakilan  Rakyat Daerah Kab. Kutai memutuskan untuk membentuk Kecamatan Kaliorang dengan Pusat Pemerintah Kecamatan Berada di Desa Bukit Makmur dan pada tanggal 12 Oktober 1999 Oleh Bapak Camat Sangkulirang Drs. Idrus Yunus, melalui surat Nomor : 138/136/X/1999, perihal penunjukan Lokasi untuk pembangunan Kantor Camat berada di Simpang 4 (Empat)  menuju ke Kaubun dan Ronggang. 

Dalam Perda No.14 Tahun 1999 juga ditetapkan Desa Bukit Makmur memiliki 258 KK dengan total jumlah jiwa sebanyak 1137 Jiwa, dengan total 774 Sertifikat Lahan masyarakat berupa (Lahan Pekarangan, Lahan Usaha 1 dan Lahan Usaha 2) yang tersebar di wilayah administrasi seluas  2.220 Ha. Kepala desa yang pernah menjabat hingga sekarang adalah sebagai berikut :